虽然定点医疗机构（定点医院、定点药店）的审批会有严格的程序，审批通过的医疗机构也会有相应的保证，但如果没有强有力的监管制度，谁又能保证这些医疗机构长久的发展呢？参保人又怎么能对自己选定的定点医院放心呢？加强定点医疗机构的管理与监督的办法有哪些？基本医疗保险实行定点医疗机构管理，主要分三个层次：一是对参保人就医进行管理。
如参保人员一般应在定点医疗机构就医，在非定点医疗机构就医发生的费用，基本医疗保险基金不予支付；鼓励参保人员选择并到基层医疗机构就医，规定不同级别定点医疗机构就医个人自付医疗费用比例不同；为建立相应的转诊、转院制度，统筹地区劳动保障行政部门要制定相应的管理办法等。二是对定点医疗机构进行管理。如对定点医疗机构内部建立相应的管理制度和配备必要的管理人员提出相应要求；社会保险经办机构应与定点医疗机构之间签订协议，明确双方的责任、权利和义务等。
三是对定点医疗机构提供的定点服务进行监督。主要措施有；定点医疗机构资格要进行年度核查；定期对定点医疗机构服务与管理工作情况进行检查和考核；建立社会公众和社会保险经办机构对定点医疗机构定点服务和管理情况的定期评议制度；对违反规定的定点医疗机构视情节给予通报、批评或取消定点资格等。如何保证定点医疗机构的公平竞争？为了在定点医疗机构管理中切实引入竞争机制，鼓励和促进医疗机构之间的公平竞争，《城镇职工基本医疗保险定点医疗机构管理暂行办法》从以下几方面作出明确规定：
一是明确申请定点资格的医疗机构范围和类别，使医疗机构的公平竞争建立在同一起跑线上。在范围上，规定除依法登记并取得《医疗机构执业许可证》的医疗机构外，军队后勤部门主管的有对外服务资格的军队医疗机构也可申请定点资格；在类别上，除疗养、保健等类别的医疗机构外，无论大、小与综合、专科医疗机构均可申请。
二是通过明确定点医疗机构应具备的资格条件，统一规范定点医疗机构审定标准与原则，切实引入了竞争机制，促使各级各类医疗机构发挥各自功能特色，积极改善服务态度、提高服务质量、降低服务成本，参与为基本医疗保险参保人员提供服务这个市场的竞争。三是通过参保人对个人就医定点医疗机构的选择，增强了需方主导竞争的能力。四是通过明确劳动保障与卫生等不同部门之间，以及劳动保障部门内部行政与经办间的管理与监督职责，落实加强定点医疗机构管理和监督的具体措施，维护公平竞争的秩序。