（1）性质不同：减免税是国家对特定地区、特定企业、特定用途的进口货物，为支持、鼓励其在国内使用或消费給予的税收优惠；而保税货物则是以复运出境为前提，不是在国内最终使用或消费，是为了支持、鼓励其出口而給予的保税优惠。（2）货物范围不同：减免税货物的范围主要是固定资产投资部分。如机器设备、仪器、仪表等；保税货物则集中于流动资产部分。如商品、原材料、零部件、元器件等。
（3）海关手续不同：减免税手续和保税手续均须在进口货物前到海关办理，但前者是办理减免税申请，海关签发《征免税证明》；后者是办理保税合同登记备案，海关核发加工贸易《登记手册》。（4）、海关监管不同：两者均属海关监管货物，但海关对减免税货物實行时效性管理，以监管年限为解除监管的依据；对保税货物實行核销管理，以复出口为解除监管的依据。