随着城镇化建设步伐的加快和统筹城乡社会保障体系的不断推进，中共中央、国务院《关于深化医疗卫生体制改革的意见》强调：探索建立城乡一体化的基本医疗保障管理制度，并逐步整合基本医疗保障经办管理资源。
市委、市政府也提出了完善基本医疗保障管理体制，实现新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险、城镇职工基本医疗保险一体化管理的要求，为实行城乡医疗保险一体化管理指明了方向。5月31日，市政府下发了《昆明市城镇职工基本医疗保险城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗实行一体化管理的意见》。
随后，昆明市成立城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗一体化管理工作领导小组。由市政府领导任组长，市发改委、市财政局、市卫生局、市人力资源和社会保障局、市审计局、市民政局、市编办等部门为成员单位，负责领导组织协调城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗一体化管理工作。
根据《意见》精神，昆明市先从理顺职能、整合资源入手，将分散在人力资源和社会保障部门管理的城镇职工、城镇居民医疗保险的管理职能和卫生部门管理的新型农村合作医疗的管理职能，整合调整到人力资源和社会保障部门统一管理，实现城乡医疗保险一体化管理。
按照现行新型农村合作医疗统筹层次和制度体系不变的原则，6月30日以前，将完成市级新农合经办管理职能的移交，7月30日以前，完成各县（市）区新农合经办管理职能的移交。
《意见》要求，各级各部门要提高认识，高度重视，切实加强组织领导，按照全市统一部署，认真做好新型农村合作医疗管理和经办职能移交工作。
在维持现有新农合的统筹层次、制度体系、经办方式不变的基础上，实现行政和经办管理职能的有效衔接、基金的安全移交和人员的平稳调整，确保移交工作期间政策不变、待遇不减、工作不断、队伍不乱，圆满实现新型农村合作医疗管理职能的顺利交接。
城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险和新型农村合作医疗实现一体化管理后，各级各部门将统筹安排、密切配合、加强协作，积极探索建立全市统筹城乡基本医疗保险制度，不断完善全市医疗保障政策体系，提高全市医疗保障待遇保障水平。