一、企业职工缴纳的大额医疗保险是否免征个人所得税？
根据《财政部国家税务总局关于基本养老保险基本医疗保险失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税。大额医疗保险不属于此范畴，应合并进入当月所得计算缴纳个人所得税。
二、企业职工缴纳大额医疗保险
根据目前的普遍做法，各地社会保险基金管理中心并不负责大额医疗基金的管理，通常作法是企业委托商业性保险公司代为管理或由企业自行管理。如果企业将大额医疗保险委托商业性保险公司管理，则应当在保险公司落到被保险人的保险账户时代扣代缴个人所得税。
企业自行管理模式比较有代表性的是北京市的大额医疗保险费。《北京市基本医疗保险规定》规定：企业大额医疗保险费在本企业职工工资总额4%以内的部分，列入成本，准予税前扣除。
大额医疗保险费用于支付职工和退休人员在定点医疗机构和定点零售药店发生的费用：包括个人账户不足支付的医疗费用，基本医疗保险统筹基金支付之余应由个人支付的医疗费用，大额医疗费用互助资金支付之余应由个人支付的医疗费用。
《北京市企业大额医疗保险暂行办法》规定：大额医疗保险由企业管理。企业大额医疗保险费当年结余部分，结转下一年度使用。由于企业计提大额医疗保险时并没有落入个人账户，而且以后每位职工报销的医疗费用金额不等，这种管理模式就很难代扣代缴个人所得税。